Los primeros datos de Albondón se sitúan en época andalusí, momento en el cual alcanza gran esplendor, en gran medida, debido su clima seco que propició la explotación de sus tierras. Tras la expulsión de los moriscos en el siglo XVI, quedó despoblada, incluida en el señorío de Cifuentes hasta que en 1653, en que se separa de Albuñol.

En el siglo XIX, la localidad vive un renacimiento gracias a la producción de pasas y vino, llegando a tener 4.000 habitantes, aproximadamente. Tras un período de decadencia, a finales del siglo XX-principios del XXI comienza a remontar esta situación, nuevamente gracias la producción del vino, y En el siglo XIX, Albondón conoce una segunda época brillante, llegando casi a los 4.000 habitantes, con una economía basada en la producción de vino y pasas.